资料不足（如缺乏长系列水文、生态数据）时，可通过以下方式估算：
- 类比法：选择气候、水文、生态特征相似的河流（如同一水系或同一气候区），参考其生态流量计算结果，结合本地实际调整。例如，某无资料山区小河可类比相邻同规模河流的生态基流比例。
- 原型观测法：通过实地监测敏感保护对象（如鱼类产卵期的水深、流速），反推所需生态流量。例如，观测到某鱼类产卵需最小水深 0.5 米，可结合河道断面计算对应流量。
- 近 10 年数据替代：用近 10 年最枯月平均流量（水位）作为生态基流（最低生态水位），简化计算但需注明局限性。
此外，还可引用相关科研成果或邻近区域规划数据，经合理性分析后使用。