基本生态流量是维系河湖生态保护目标基本功能不丧失的 “底线” 水流过程，是生态流量的下限，包括生态基流、敏感期生态流量等，其设计保证率通常不低于 75%（生态基流不低于 90%）。例如，为保证鱼类不灭绝，需维持的最低水流过程即属于基本生态流量。
目标生态流量则是维护河湖良好生态状况或特定保护目标的水流过程，是控制水资源开发利用程度的指标，设计保证率原则上不低于 50%。比如，为维持河流输沙功能不淤积、水生生物种群稳定，所需的水流过程即为目标生态流量。
两者的核心差异在于 “底线保障” 与 “良好维持”：基本生态流量确保生态功能不丧失，目标生态流量追求生态状况更优，前者主要用于控制非汛期水量，后者用于约束河道外经济社会耗水量。